太正二十九年，帝都·东京。曾经对帝国华击团憧憬的少女独自一人，走上帝都的舞台、再次掀开新传说的幕布。

太正十一年，以妖僧天海为首的邪恶组织“黑之巢会”蠢蠢欲动。仇视近代文明的天海为了复辟德川幕府的统治，率领手下的葵叉丹、弥勒、修罗、罗刹，操纵着古代咒法生出的魔操机兵在帝都展开了破坏活动。为了守护帝都和民众，新的政府直属对降魔组织帝国华击团（简称“帝击”）花组成立了。在米田一基、藤枝菖蒲的领导下，花组集结了6名具备高灵力的少女：真宫寺一马的女儿、灵剑·荒鹰的继承者真宫寺樱；神崎财阀总帅忠义的孙女、精通神崎风尘流长刀术的神崎堇；俄国革命的勇士、曾有“食火鸟”之称的玛丽亚·橘；自幼就因超常的灵力被隔绝、年仅10岁的法国贵族千金爱丽丝；在战乱中失去亲人、精通机械的中国少女李红兰；以及桐岛流空手的正统传人、身高近2米的桐岛神奈。以银座大帝国剧场为基地、平日以歌剧团的表面掩人耳目的花组，在魔物出现时就会变为守护帝都的战士，驾驶光武与敌人作战。太正十二年春，苦于战力及协作性不足的花组来了一位新队长——海军少尉大神一郎，《樱花大战》的故事就从这里开始。