万圣节到了，神秘公司的成员们：弗雷德、达芙妮、维尔玛、长毛和史酷比准备好好享受难得的假期。一起突发事件打乱了他们的计划并威胁到了参加万圣节游行车会的民众的安全。经过调查发现，幕后黑手竟是一个想要报复神秘公司的新敌人，而这个敌人异常的神秘和强大。为了找出这个幕后黑手并揭穿他的阴谋，神秘公司不得不与他们的宿敌——史酷比历史上每一个万圣节装扮背后的邪恶策划者——强纳森·克莱恩博士合作。当然，合作是有条件的。这个不可预测的新盟友给史酷比和他的朋友们带来了不少麻烦，不过他们也将学习到一些怪异的新技巧，甚至穿上他们最知名的反派的服装，以混淆对手的视听，最终他们依靠亲密无间的合作和出其不意的策略，在这个特殊的万圣节之夜成功地拯救了世界。

随着可可和基蒂入狱，神秘公司认为他们终于可以享受一段休息了。