明朝中叶，老皇帝昏迷不醒，立储之事悬而未决，皇子和齐王觊觎皇位，明争暗斗，此时京城惊现连环杀人案，责成京师六扇门办理案件，六扇门统带申梓木本想和稀泥，却不想儿子申力行意外卷入案件当中，申梓木被迫带着申力行共同破案。申力行天赋异禀，很快破案，却也揭开了宫廷斗争的序幕。随着申力行调查的深入，案件牵扯越来越大，终于翻出了十多年前皇后犯下的一桩罪行，真相会影响皇位传承，也因为案件，申梓木被人暗害，申力行痛不欲生，却这时，皇帝病愈，齐王抓住机会将申力行破案的结果密奏皇上，龙颜大怒，皇子被软禁，齐王眼看即位，申力行突然发现杀死父亲的凶手是齐王的手下苏溢清，而这一切的缘起都是齐王所为，申力行为父报仇，将真相公之于众，逼得齐王走投无路起兵造反，在申力行的帮助下皇子平叛，最终顺利即位。

天启皇帝驾崩，崇祯即位之时，准备法办奸臣魏忠贤一党，在这关键时刻却发现记载魏罪证的万言书被盗，六扇门和魏忠贤的党羽银鬼同时出发追踪盗书之人，并展开了关乎正邪交锋、恩怨情仇甚至社稷安慰的最终“绝战”！

正德年间，刘瑾独揽朝纲，京城内外数富户家中被盗，凡被盗日，定有一人携金银救济贫苦，百姓尊为“盗圣”。皇帝听此事大发雷霆，命六扇门总捕头雷豹捉拿。雷豹之女雷婷痴迷武功，想闯荡江湖，但父亲反对，她便一气之下离家出走。路上偶遇司空摘月，但雷婷却不知此人为盗圣，二人携手开始闯荡江湖。直到一天，官府库银被盗，县令下令向村民抽税补上，本不富裕的村民一筹莫展。司空摘月想起在凤来楼偷听的谈话得知黑风山劫走官银，于是去闯黑风山却寡不敌众身受重伤。雷婷小师弟发信号弹搬救兵，一场大战即将展开。

　高丽叛军突起，大明援其火器并由高丽将军崔代元押送，不料途中被劫，六扇门玄武小组调查发现是监守自盗盖因崔之义女被叛军绑架，陷崔于两难境地。玄武小组为崔打动，誓在追回火器的同时救出人质，保其忠义两全！

张一奉命执行一项任务，不想却中了圈套。周冲带着祝英前去营救，里应外合救出张一，并从倭寇手中救出数名村民，将倭寇头子竹下一郎正法，投敌叛国的将军刘孟受到惩罚。周冲和张一祝英正式组成“玄武”小组。

　　一伙神秘匪徒意欲在即将举行的祭天盛典上行刺皇帝，六扇门必须在此之前将该案破获。种种线索指向襄阳的苍生客栈，当玄武小组赶到时，一伙匪徒竟将整个客栈的客人劫为人质——而他们的目标，却在所有人的预想之外……

多年前一次失误，捕头周冲多名部下丧命玄铁镖，周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架，案发现场竟发现了玄铁镖踪迹，周冲请命重回六扇门，顺藤摸瓜打入敌穴，救出蒋进之女，并一步步接近当年阴谋的真相……

明朝正德年间，叶国涛在追查一起龙虎山凶杀案时遇害，爱徒董云飞被任命为六扇门捕快，沿着案发现场唯一的证物“令牌碎片”这条线索不断追查，逐渐揭开凶案背后隐藏的有关于古墓宝藏的阴谋。各方势力几次刺杀阻拦董云飞查案，但他置自身危险于不顾，联合知府女儿、方捕快不断深入调查，最终逼得以血虫蛊毒谋财害命的幕后真凶不得不现身，将真相大白于天下。

武林绝学“血手印”惊现江湖，引出一桩奇案。六扇门最不靠谱的小捕快彭羽天奉命调查，行至洛阳青云阁后，风波频起。彭羽天为了维持六扇门的名声，唯有硬着头皮，从各种刁钻角度进行调查，笑话百出，最终引出一段感人至深的母女亲情故事，正义得以昭彰。

本影片讲述了明朝中叶，上骑都尉匡天干为达成谋反，私自伪造"大明通行宝钞"并让其所管辖的军队在邻省大肆购买各种物资，一度造成江南物价飞涨、货币贬值的行径让皇帝大怒，派出六扇门彻查，并引发破获江南系列伪造宝钞案件的故事。

安东野、唐小美等五名六扇门新晋捕快虽不太靠谱，但各自身怀绝技，在总捕头龙傲天的带领下热血成长，维护治安，破解了一个个奇案，与意图颠覆朝政的青龙会黑暗势力展开了激烈的智勇之斗！

专门关押监犯的黑山监狱年久失修，欲将监犯搬运，六扇门接到任务帮忙。张一带着唐珂前往预备，不料监狱中临时关押的两个女犯却引来了一批奥秘杀手血洗铁牢，张一和唐珂无可奈何联合狱中监犯一起抗敌，等待救援……

大金使节达哈苏出使大明以求两国和平，六扇门接到任务护送。却不料达哈苏到达后，其副手突然发难，里应外合占领了六扇门，目的是要杀死达哈苏，挑起两国战争。面对沦陷，同门惨遭屠杀，玄武小组展开拼死的激战。