故事舞台发生在架空的城市──日本美空市美空町，除此之外还有魔女世界和魔法堂等。自称为“世界上最不幸的美少女”的春风DoReMi，一直相信这世界上有魔女，并希望自己成为魔女后可以向喜欢的人表白。有一天放学时，春风DoReMi经过一间名叫“新旗山莉卡魔法堂”的店铺。进入一探究竟时，碰巧拆穿了当时魔法堂的老板－“魔女莉卡”具有魔女身份，而导致她变成魔女青蛙。由于只有正式的魔女才可让魔女莉卡恢复原貌，为了帮助魔女莉卡回复原状，DoReMi成为了魔女见习生，并要在见习魔女9个级别（第9级至第1级）的考试中合格，从而取得魔女的象征──自己的水晶球，才能成为正式魔女。期间，初贵、爱子与DoReMi的妹妹泡泡，因为先后知道DoReMi是魔女见习生，为了不让DoReMi也变成魔女青蛙，因此也陆续成为魔女见习生。为了赚取使用魔力所需的魔法珠，所以要时常在魔法堂帮忙。期间也慢慢的参加升级试。在升级试的途中，Doremi等人获得了精灵陪伴。

故事舞台发生在架空的城市──日本美空市美空町,除此之外还有魔女世界和魔法堂等.自称为"世界上最不幸的美少女"的春风DoReMi,一直相信这世界上有魔女,并希望自己成为魔女后可以向喜欢的人表白.有一天放学时,春风DoReMi经过一间名叫"新旗山莉卡魔法堂"的店铺.进入一探究竟时,碰巧拆穿了当时魔法堂的老板-"魔女莉卡"具有魔女身份,而导致她变成魔女青蛙.由于只有正式的魔女才可让魔女莉卡恢复原貌,为了帮助魔女莉卡回复原状,DoReMi成为了魔女见习生,并要在见习魔女9个级别(第9级至第1级)的考试中合格,从而取得魔女的象征──自己的水晶球,才能成为正式魔女.期间,初贵,爱子与DoReMi的妹妹泡泡,因为先后知道DoReMi是魔女见习生,为了不让DoReMi也变成魔女青蛙,因此也陆续成为魔女见习生.为了赚取使用魔力所需的魔法珠,所以要时常在魔法堂帮忙.期间也慢慢的参加升级试.在升级试的途中,Doremi等人获得了精灵陪伴.

第二部的剧情是接再第一部之后发展的，升上小学四年级的一小麻烦魔女们在“最后一次”到魔女世界去的时候，从盛开的花朵中看见了诞生的魔法婴儿。因为魔女世界里有一条规定：第一个看到魔法婴儿诞生的魔女就必须当她的母亲照顾她一年。 就因为这个缘故，小麻烦魔女们又回复了魔女见习生的身分，并接受女王陛下的托付，照顾魔法婴儿小花一年。如果能够平安的养育小花，并通过定期健康检查，就能升格为真正的魔女。 为了照顾小花，小麻烦魔女们将原本贩卖用魔法黏土作出小饰品的魔法堂，改装成像花园魔法堂，并且开始做起卖小盆栽的生意。如此一来就可改变成最适合小花成长的优良环境。 就这样，小麻烦魔女们和小花制造了许多回忆。但好景不常，某天，小花不明的发高烧。为要救小花，小麻烦魔女们潜入了被诅咒的森林摘取“真爱苏布里姆花”，但要摘取花朵，就得牺牲魔女水晶球。 费尽千辛万苦，小麻烦魔女们还是摘到了真爱苏布里姆花，医治了小花。但是一年的期限却也随之到来。小花回到了魔女世界，和小麻烦魔女们分开之后，每当有小婴儿来到花园魔法堂，总会让小麻烦魔女们一阵鼻酸…

第二部剧场版，讲述DoReMi家人和四个朋友返回DoReMi爷爷位于飞彃高山的家。期间DoReMi五人去不回归山游玩时，发现了“青蛙石”的不可思议故事。

本作为首部小魔女剧场版，讲述泡泡无意中从女皇花园带回白色花朵“女皇之心”到人间，并引起人间骚动的故事。本作于2000年东映动画祭上上映，承接小魔女DoReMi#第40集。