中国，印第安纳琼斯博士与上海黑帮老大交易，对方在换得努尔哈赤的骨灰后便背信弃义，欲灭琼斯之口。关键时刻，机灵小鬼豆丁救下琼斯博士和无故卷进的一位歌女威莉。由于三人乘坐的飞机失事，跳机后，乘着橡皮艇，他们竟漂流到了印度的一个村子。这里河水干涸，庄稼尽毁，饥荒横行，民不聊生。当地人将之归咎为彭高皇宫的妖孽作怪，并将“从天而降”的琼斯一行视为神灵的化身，他们请求琼斯帮他们拿回被掳走的圣石和所有的小孩子。魔宫果然充满古怪，统治者是个小屁孩，贵族们吃水蛭、巨蟒、甲虫、猴脑，皇宫内部更是机关重重，误打误撞间，他们目睹到血腥的邪教献祭仪式……这一仗注定艰苦异常！

中国，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）与上海黑帮老大交易，对方在换得努尔哈赤的骨灰后便背信弃义，欲灭琼斯之口。关键时刻，机灵小鬼豆丁（Jonathan Ke Quan饰）救下琼斯博士和无故卷进的一位歌女威莉（Kate Capshaw饰）。 　　由于三人乘坐的飞机失事，跳机后，乘着橡皮艇，他们竟漂流到了印度的一个村子。这里河水干涸，庄稼尽毁，饥荒横行，民不聊生。当地人将之归咎为彭高皇宫的妖孽作怪，并将“从天而降”的琼斯一行视为神灵的化身，他们请求琼斯帮他们拿回被掳走的圣石和所有的小孩子。 　　魔宫果然充满古怪，统治者是个小屁孩，贵族们吃水蛭、巨蟒、甲虫、猴脑，皇宫内部更是机关重重，误打误撞间，他们目睹到血腥的邪教献祭仪式……这一仗注定艰苦异常！

中国，印第安纳琼斯博士与上海黑帮老大交易，对方在换得努尔哈赤的骨灰后便背信弃义，欲灭琼斯之口。关键时刻，机灵小鬼豆丁救下琼斯博士和无故卷进的一位歌女威莉。由于三人乘坐的飞机失事，跳机后，乘着橡皮艇，他们竟漂流到了印度的一个村子。这里河水干涸，庄稼尽毁，饥荒横行，民不聊生。当地人将之归咎为彭高皇宫的妖孽作怪，并将“从天而降”的琼斯一行人视为神灵的化身，他们请求琼斯帮他们拿回被掳走的圣石和所有的小孩子。魔宫果然充满古怪，统治者是个小屁孩，贵族们吃水蛭、巨蟒、甲虫、猴脑，皇宫内部更是机关重重，误打误撞间，他们目睹到血腥的邪教献祭仪式……这一仗注定艰苦异常！

二战期间，希特勒在世界各地召集考古学家寻找“失落的约柜”——圣经中引导希伯来人与上帝交流的圣物，希特勒欲借其来护佑纳粹的战争。为了使希特勒的计划破灭，印第安纳琼斯博士（哈里森·福特 饰）奔赴尼泊尔，一边奋力挖掘蛛丝马迹，一边还要与无孔不入的纳粹分子周旋。凭借着过人的智慧和异于常人的胆量及大无畏的勇气，琼斯终于在罗马找到了指示约柜位置的太阳手杖，继而发现了约柜。就在大功告成之际，纳粹军却侵吞了胜利果实，还将琼斯等人留在了蛇穴里！但是无往不胜的琼斯总是有办法死里逃生，并狠狠地还以颜色！

传说用耶稣在最后的晚餐中用到的圣杯喝水，便能长生不老。在一次掘金活动中，记载圣杯的碑石被发现，圣杯存在的可能吸引着大批的疯狂的人展开寻找。印第安纳琼斯博士也是他们中的一员，甚至连他的父亲老琼斯也陷入其中——但他给琼斯留下圣杯的笔记后便不知所踪。踏上威尼斯的土地，琼斯和事先约好的史奈达博士（Alison Doody饰）会面，他们在图书馆里凭线索找到圣盾后，却开始遭到莫名的来自十字剑兄弟的追杀。一番波折后，琼斯终于找到了老琼斯，同时，史奈达的纳粹身份暴露，笔记被抢走。圣杯随时都有可能落入纳粹的手中。于是，琼斯父子俩开始联袂上演拯救圣杯的精彩大戏！

19年后，印第安纳琼斯博士再次启程，旨在将黄金城埃克托王国遗失的水晶骷髅头骨归还原地——传说中，归还圣物者将被赐予巨大力量。